Βρίσκεται στη Σκάλα, δίπλα από τα ερείπια των κτισμάτων, τα οποία κατά την πρώιμη χριστιανική εποχή χρησιμοποιούνταν ως βαπτιστήριο. Η Παράδοση αναφέρει ότι εκεί βάπτιζε τους Πάτμιους ο ’γιος Ιωάννης ο Θεολόγος. ’λλη παράδοση αναφέρει ότι εκεί στεκόταν ο  ’γιος Ιωάννης, όταν έστειλε στο βυθό της θάλασσας το μάγο Κύνωπα. Η εκκλησία του Αγίου Ιωάννη είναι ενωμένη με το παρεκκλήσι του που είναι αφιερωμένο στον ’γιο Πολύκαρπο.